Está a decorrer a 3ª fase de avaliação de instituições de Ensino Superior iniciada em 2006 pela equipa de coordenação da Associação Europeia das Universidades (“European University Association”, EUA). Nestes três últimos anos desde o acordo estabelecido entre o MCTES e a EUA, foram lançados 23 processos de avaliação a instituições de ensino superior portuguesas e estão já concluídas 13 dessas avaliações. Os processos de avaliação lançados desde 2006 referem-se a 11 universidades (Coimbra, Évora, Fernando Pessoa, Lusófona, Algarve, Beira Interior, Lisboa, Madeira, Nova de Lisboa, Aveiro e Minho), 8 institutos politécnicos (Bragança, Porto, Leiria, Beja, Castelo Branco, Saúde do Norte, Setúbal, e Coimbra), 1 escola universitária não integrada (Academia Militar), 3 escolas politécnicas não integradas (Hotelaria e Turismo do Estoril, Enfermagem de Coimbra, e Instituto Português de Administração e Marketing). Foram assim já avaliadas pela Associação Europeia das Universidades 19 instituições de ensino superior público e 4 instituições privadas, que voluntariamente o solicitaram. A terceira fase de avaliações institucionais pela EUA em Portugal a decorrer em 2009, será a apoiada financeiramente pelo Ministério da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior (MCTES). No processo estão envolvidos: a Organização para a Cooperação e Desenvolvimento Económico (OCDE), a Rede Europeia de Certificação de Qualidade do Ensino Superior (ENQA), a Associação Europeia das Universidades (EUA) e a Associação Europeia de Instituições de Ensino Superior (EURASHE). O resultado das avaliações até agora efectuadas já se encontra disponível no site do MCTES.